Të premten e 10 shkurtit 2006, Fatmir Sejdiu mori postin e presidentit të Kosovës me 80 vota për, 12 kundër dhe 17 të pavlefshme, pas tri runde të votimit.
Ai ishte kandidati i vetëm i propozuar nga Lidhja Demokratike e Kosovës (LDK), duke vazhduar kështu mandatin e ish-kryetarit Ibrahim Rugova deri në zgjedhjet e ardhshme parlamentare.
Në seancën solemne të Kuvendit për zgjedhjen e presidentit ishin të pranishëm 110 deputetë. Por Sejdiu nuk mundi ta përfundonte mandatin e tij pesëvjeçar siç parashihet me Kushtetutë.
Më 27 shtator të vitit 2010, ai dha dorëheqje pas vendimit të Kushtetueses për shkelje të rëndë të aktit më të lartë juridik të vendit me mbajtjen e postit të presidentit dhe atij të kryetarit të LDK-së, ndonëse me funksione të ngrira.
Sejdiu e bëri publik vendimin për dorëheqje gjatë një konference për media, ku tha se postin e presidentit e kishte ushtruar me përgjegjësi dhe përkushtim të plotë.
“Të dashur qytetarë të Republikës së Kosovës. Sot unë kam dhënë dorëheqje nga pozita e Presidentit të Republikës së Kosovës. Që nga 10 shkurti i vitit 2006, si president i Republikës së Kosovës dhe i të gjithë qytetarëve të saj, kam ushtruar këtë funksion me përgjegjësi, me përkushtim të plotë dhe ndërgjegje të pastër, gjithnjë duke pasur si udhërrëfyes themelor interesin e qytetarëve dhe të vendit tonë të dashur. Unë, tërë jetën time i kam respektuar institucionet që dalin nga vota e lirë e qytetarëve. Unë kam punuar për të realizuar vullnetin politik të popullit të Kosovës për liri dhe pavarësi dhe kam udhëhequr me përgjegjësi të plotë procesin e pavarësimit të vendit tonë”, kishte thënë atëherë Sejdiu.
Ai u shpreh se vendimin për dorëheqje e kishte marrë pikërisht për të respektuar Kushtetuesen si instanca më e lartë të interpretimit të Kushtetutës së Kosovës.
Fatmir Sejdiu është lindur më 23 tetor 1951 në Pakashticë të Besianës, ndërsa jeton në Prishtinë. Ka të kryer Fakultetin Juridik në Universitetin e Prishtinës dhe ka gradën e Doktorit të Shkencave Juridike në po këtë universitet.